Наводнувањето е една од главните задачи за управување со растенијата Бонсаи. Наводнување се чини едноставно, но не е лесно да се напои точно. Наводнување треба да се изврши според растителните видови, сезонските промени, периодот на раст, периодот на цветни, периодот на застој и временските услови на растението. Совладување на времето и количината на наводнување е многу важно за растот на растенијата. Смртта на некои растенија во Бонсаи е директно поврзана со неправилно наводнување.

Покрај снабдувањето вода и хранливи материи на кондензирани растенија, тенџере почва го одржува и нормалното дишење на воздухот на растенијата. Кога тенџере почвата има доволно влага, честичките на почвата се шират, стискајќи го воздухот во празнините помеѓу честичките, предизвикувајќи недостаток на воздух во тенџерето почвата; Кога тенџерето почвата е сува или е релативно сува, честичките на почвата се намалуваат, волуменот станува помал и повторно се појавуваат празнини помеѓу честичките. Празнините се исполнети со воздух.

Бидејќи почвата се менува помеѓу суво и влажно, воздухот во тенџере почвата исто така циркулира постојано, дозволувајќи им на растителните корени да дишат нормално. По секое наводнување, корените на растението ќе можат да толерираат недостаток на кислород во тенџере почва во краток временски период. Меѓутоа, ако тенџерето почвата е премногу влажна долго време, што резултира во долгорочен недостаток на кислород, тоа ќе предизвика ерозија на коренот и други болести; Ако почвата е сува подолго време, иако има доволно кислород во тенџере почва, растенијата не можат да апсорбираат вода долго време, што е исто така штетно за растот на растенијата, па дури и може да предизвика да умрат. Затоа, при наводнување на растенијата Бонсаи, треба да се следи принципот на „немојте да ги наводнувате кога се суви, водете ги темелно“.

Недоволното наводнување и дехидрација на растенијата ќе предизвикаат гранчиња да се навлезат и да се спуштаат, а лисјата да венеат, да се свртат жолто и да паднат. Во случај на зимзелени видови, иглите ќе станат меки и ќе го изгубат силното и болно чувство. Кога недостигот на вода е сериозен, кортексот на гранките се намалува како гуски. Ако наидете на оваа ситуација во текот на летото, веднаш треба да го преместите растението на засенчено место. Откако ќе се намали температурата, прво испрскајте вода на лисјата, а потоа истурете малку вода во садот, а потоа истурете ја водата темелно по еден час.

За сериозно дехидрирани растенија, не заборавајте да не водите доволно одеднаш, затоа што кога растението е сериозно дехидрирано, коренот кортекс се намали и е близу до ксилемот. Доколку ненадејно се снабдува голема количина вода, коренскиот систем ќе се прошири како резултат на брза апсорпција на вода, предизвикувајќи прекин на кортексот, што доведува до умира фабриката, така што треба да има постепен процес на адаптација. После растенијата кои се сериозно на вода, се подложат на горенаведениот третман, најдобро е да ги одржувате под сенка пролеана неколку дена, а потоа да ги култивирате на сонце откако ќе бидат силни. Сепак, не надводни. Покрај тоа што предизвикуваат растенијата да растат стрмно, влијаат на формата на дрвото и украсната вредност, прекумерното наводнување исто така може лесно да предизвика гниење на коренот и смртта. Минијатурни садови за бонсаи бараат помалку почва, па затоа е особено важно да ги напоиме во вистинско време и во вистинската количина.