Наводнувањето е една од главните задачи за управување со бонсаи растенијата. Наводнувањето изгледа едноставно, но не е лесно да се наводнува правилно. Наводнувањето треба да се врши според видот на растението, сезонските промени, периодот на раст, периодот на цветање, периодот на мирување и временските услови на растението. Совладувањето на времето и количината на наводнување е многу важно за растот на растенијата. Умирањето на некои бонсаи растенија е директно поврзано со неправилно наводнување.

Освен што им обезбедува вода и хранливи материи на растенијата во саксии, почвата во саксии им овозможува и нормално дишење на растенијата. Кога почвата во саксиите има доволно влага, честичките од почвата се шират, истиснувајќи го воздухот во празнините меѓу честичките, предизвикувајќи недостаток на воздух во почвата во саксиите; кога почвата во саксиите е сува или релативно сува, честичките од почвата се намалуваат, волуменот станува помал и повторно се појавуваат празнини меѓу честичките. Празнините се исполнуваат со воздух.

Како што почвата се менува помеѓу сува и влажна, воздухот во почвата во саксијата исто така континуирано циркулира, овозможувајќи им на корените на растенијата нормално да дишат. По секое наводнување, корените на растението ќе можат да го толерираат недостатокот на кислород во почвата во саксијата за краток временски период. Меѓутоа, ако почвата во саксијата е премногу влажна долго време, што резултира со долгорочен недостаток на кислород, тоа ќе предизвика ерозија на корените и други болести; ако почвата е сува долго време, иако има доволно кислород во почвата во саксијата, растенијата не можат да апсорбираат вода долго време, што е исто така штетно за растот на растенијата, па дури може да предизвика и нивна смрт. Затоа, при наводнување на бонсаи растенија, треба да се следи принципот „не ги полевајте кога се суви, туку обилно полевајте ги“.

Недоволното наводнување и дехидрацијата на растенијата ќе предизвикаат гранчињата да венеат и да овенат, а листовите да овенат, да пожолтат и да паднат. Кај четинарите, игличките ќе омекнат и ќе го изгубат својот силен и бодлив осет. Кога недостатокот на вода е сериозен, кората на гранчињата се собира како гускини пупки. Ако се соочите со оваа ситуација во лето, веднаш треба да го преместите растението на засенчено место. Откако температурата ќе падне, прво испрскајте со вода на листовите, потоа истурете малку вода во саксијата, а потоа темелно истурете ја водата по еден час.

За сериозно дехидрирани растенија, внимавајте да не наводнувате доволно одеднаш, бидејќи кога растението е сериозно дехидрирано, кореновиот кортекс се намалува и е блиску до ксилемот. Ако одеднаш се внесе голема количина вода, кореновиот систем ќе се прошири поради брза апсорпција на вода, предизвикувајќи руптура на кортексот, што доведува до смрт на растението, па затоа е потребен постепен процес на адаптација. Откако растенијата на кои сериозно им недостасува вода ќе го поминат горенаведениот третман, најдобро е да се чуваат под сенка неколку дена, а потоа да се одгледуваат на сонце откако ќе зајакнат. Сепак, не претерувајте со наводнување. Освен што предизвикува стрмен раст на растенијата, што влијае на обликот на дрвото и украсната вредност, прекумерното наводнување може лесно да предизвика и гниење на коренот и смрт. Минијатурните саксии за бонсаи бараат помалку почва, па затоа е особено важно да се наводнуваат во вистинско време и во вистинска количина.