Наводнувањето е една од главните задачи за управување со растенијата бонсаи. Наводнувањето изгледа едноставно, но не е лесно да се полева како што треба. Наводнувањето треба да се врши според видот на растението, сезонските промени, периодот на раст, периодот на цветање, периодот на мирување и временските услови на растението. Совладувањето на времето и количината на наводнување е многу важно за растот на растенијата. Смртта на некои растенија од бонсаи е директно поврзана со неправилно наводнување.

Покрај снабдувањето со вода и хранливи материи за растенијата во саксии, почвата од саксии исто така го одржува нормалното дишење на воздухот на растенијата. Кога почвата на саксијата има доволно влага, честичките од почвата се шират, истиснувајќи го воздухот во празнините помеѓу честичките, предизвикувајќи недостаток на воздух во почвата на саксијата; кога почвата на саксијата е сува или релативно сува, честичките од почвата се намалуваат, волуменот станува помал и повторно се појавуваат празнини меѓу честичките. Празнините се полни со воздух.

Како што почвата се менува помеѓу суво и влажно, воздухот во почвата на саксијата исто така циркулира континуирано, овозможувајќи им на корените на растението нормално да дишат. По секое наводнување, корените на растението ќе можат да го толерираат недостатокот на кислород во почвата на саксијата за краток временски период. Меѓутоа, ако почвата на саксијата е премногу влажна долго време, што резултира со долгорочен недостаток на кислород, тоа ќе предизвика ерозија на коренот и други болести; Ако почвата е сува долго време, иако има доволно кислород во почвата на саксијата, растенијата не можат да апсорбираат вода долго време, што исто така е штетно за растот на растенијата, па дури и може да предизвика нивна смрт. Затоа, при наводнување на растенијата бонсаи, треба да се почитува принципот „не ги полевајте кога се суви, наводнувајте ги темелно“.

Недоволното наводнување и дехидрација на растенијата ќе предизвика овенување и овенати гранчиња, а листовите венеат, пожолтуваат и паѓаат. Во случај на иглолисни видови, иглите ќе станат меки и ќе го изгубат своето силно и бодликаво чувство. Кога недостигот на вода е сериозен, кортексот на гранките се намалува како гуска. Ако наидете на оваа ситуација во лето, веднаш треба да го преместите растението на засенчено место. Откако температурата ќе падне, прво попрскајте ги листовите со вода, а потоа истурете малку вода во тенџерето, а потоа по еден час истурете ја водата темелно.

За силно дехидрираните растенија, внимавајте да не наводнувате доволно одеднаш, бидејќи кога растението е сериозно дехидрирано, кората на коренот се намалила и е блиску до ксилемот. Ако ненадејно се снабди голема количина вода, кореновиот систем ќе се прошири поради брзата апсорпција на водата, што ќе предизвика пукање на кортексот, што ќе доведе до смрт на растението, па затоа треба да има постепен процес на адаптација. Откако растенијата на кои сериозно им недостига вода ќе се подложат на горенаведениот третман, најдобро е да ги одржувате неколку дена под сенка, а потоа да ги одгледувате на сонце откако ќе зајакнат. Сепак, не претерувајте со вода. Покрај тоа што ги предизвикува растенијата да растат стрмни, што влијае на обликот на дрвото и украсната вредност, прекумерното наводнување исто така лесно може да предизвика гниење на коренот и смрт. Минијатурните бонсаи садови бараат помалку земја, па затоа е особено важно да ги полевате во вистинско време и во вистинска количина.